Le chœur du 12ème siècle et le clocher du 13ème siècle ont été classés monuments historiques le 3 septembre 1912 et le reste de l'édifice est inscrit à l'inventaire des monuments historiques depuis le 20 février 1954.

La paroisse, placée sous le vocable de Saint Denis, était autrefois comprise dans le diocèse de Beauvais le grand archidiaconé, autrement dit l'archidiaconé de Beauvais et le doyenné de Beaumont. Après avoir appartenu au diocèse de Versailles, elle fait maintenant partie du diocèse de Pontoise.

L'orientation de l'église est conforme à celle des édifices religieux à savoir que le portail principal est à l'ouest.
Les dimensions de l'édifice sont assez modestes et le plan irrégulier.
Le chœur terminé en hémicycle est précédé d'un transept avec chapelle orientée de forme carrée au nord (chapelle de St Joseph) et d'une nef qu'accompagne un bas-côté unique du côté sud (chapelle de la Vierge). Le clocher s'élève au milieu du transept.

La nef : elle est la partie la plus ancienne de l'église ou du moins le mur nord de cette nef car la façade a été retouchée sans goût à la période moderne et le mur sud a été remplacé  au 17ème siècle par deux arcades communiquant avec le bas-côté sud. Les fenêtres en hauteur sur le mur nord ont été ornées en 2010 et 2012 de deux vitraux de Michel GUEVEL, la Paix et l’Arbre de Vie.

Antérieur au chœur et au carré du transept est, le demi croisillon du midi construit en pierre, épaulé à son extrémité par des contreforts plats, communique avec le bas-côté et avec la chapelle orientée par deux arcades basses en tiers-point, sans ornement qui semblent avoir été percées en même temps. Le demi croisillon est éclairé par une fenêtre de plein cintre de moyenne dimension dépourvue de décoration qui est contemporaine de la construction de l'église. Il est recouvert d'un berceau brisé où l'on peut voir encore quelques traces d'un faux appareil peint de couleur ocre.

La chapelle orientée : construite en pierre, elle est de plan barlong (le plus grand côté de face). La fenêtre qui s'ouvre à l'extrémité méridionale est de construction moderne. Un berceau en pierre, perpendiculaire au chœur comme celui du demi croisillon, tracé en plein cintre, couvre cette chapelle.

Le bas-côté : il fut ajouté à la nef du côté sud à la fin du 16ème siècle. Cette datation résulte très visiblement du style de l'architecture qui se rapproche beaucoup de celle de Nicolas Lemercier à qui avait été attribuée cette construction à tort puisqu'au revers du petit portail du sud on lit la date de 1561 or Nicolas Lemercier vécut de 1585 à 1654. L'aspect extérieur du bas-côté est très simple. La muraille en pierre est épaulée en son milieu par un contrefort, deux fenêtres éclairent l'intérieur de l'édifice et le mur fait retour sur la façade ouest. La fenêtre sud près des fonds baptismaux s'orne depuis décembre 2001 d'un vitrail représentant le baptême du Christ, œuvre du maître-verrier Jeannette WEISS-GRUBER. Quant à la fenêtre côté ouest, elle est ornée depuis 2008 d’un vitrail « Eaux Vives » exécuté par Michel GUEVEL

Le petit portail donnant sur la place : il s'ouvre dans la travée orientale. Sa baie est de plein cintre et encadrée d'un faux portique composé de deux pilastres à cannelures et d'un fronton triangulaire surmonté d'une croix.

Le chœur, le carré du transept et le demi croisillon nord constituent ce qu'il y a de plus intéressant dans l'église en ce qui concerne l'archéologie. Ces parties de l'édifice furent bâties successivement dans l'ordre cité plus haut et les détails de leur architecture révèlent leur appartenance au 12ème siècle.
L'abside qui semble avoir été bâtie la première est plantée sur un hémicycle que partagent, en quatre travées, trois colonnettes. Seule celle de l'axe n'a pas subi de transformation, par contre aucune des bases n'est visible à la suite de la surélévation du pavage.

Les fonts baptismaux : ils sont du 13ème siècle et d'une espèce rare. Ils sont formés d'une coupe circulaire qui repose  sur une base torique. Le diamètre supérieur est de 93 cm et la hauteur de 82 cm. Ils ont été offerts par Blanche de Castille, mère de Saint Louis.

Le clocher : il date du 13ème siècle et le toit en bâtière qui le surmonte est du 14ème siècle.


Les cloches
La première cloche, DENISE : elle mesure 90 cm de diamètre et a été installée en 1767.

La deuxième cloche : en 2000, Denise a été rejointe par JEANNE, qui fut offerte par l'AREJ aidée d'une souscription municipale. Elle pèse 425 kg et mesure 86 cm de diamètre. Elle a été coulée le 22 novembre 2000 à Villedieu les Poêles, est arrivée à Jouy le Comte le 1er décembre. Elle fut bénie par le vicaire général Yves Jacquesson le 14 décembre 2000. Elle fut montée au clocher le 19 décembre et fixée au beffroi le 20 décembre d'où elle sonna la première fois à 18 heures le même jour.

En 2003, l’association a offert à l’église un carillon de 8 cloches.